Augenauf setzt sich dafür ein, Menschenrechtsverletzungen durch Behörden in der Schweiz aufzudecken, zu dokumentieren und Betroffene zu unterstützen. Die Organisation beschäftigt sich mit Themen wie Diskriminierung, Rassismus, Asylpolitik und Polizei. Sie hilft in Einzelfällen mit Beratung oder stellt Kontakt zu Hilfsstellen, Anwälten oder Journalisten her.